Depuis la décision du Gouvernement wallon (en ses séances des 20 et 27 novembre 2003) visant à permettre aux Communes et aux Provinces de bénéficier de crédits d’aide extraordinaire à long terme pour couvrir les quotes-parts dans les déficits hospitaliers (Plan Tonus), les Institutions Hospitalières, dont les Associés ont sollicité un tel crédit, devaient adopter un Plan de gestion. En découlent, les missions spécifiques du Centre vis-à-vis des Institutions hospitalières :
- apporter son aide à l'élaboration des plans de gestion ;
- assurer le suivi et le contrôle des plans de gestion ;
- remettre des avis et des rapports au Ministre ;
- assurer des missions ponctuelles d'avis et de conseils à l'attention des Pouvoirs locaux ou du Gouvernement Wallon (analyses des budgets et comptes).
L’objectif sous-jacent à cette mission de cette action est d'aider les Institutions hospitalières à trouver la voie du redressement financier dans une perspective à long terme de pérennité d'un service public de qualité. Toutes les Institutions hospitalières peuvent - avec l'aide du Centre ou non - élaborer un Plan de gestion et des projections budgétaires.
Les Institutions hospitalières dont les Associés ont bénéficié de crédits via le Compte CRAC Long Terme sont dès lors considérées comme étant sous Plan de gestion. Cela implique que le Centre soit associé à leurs travaux budgétaires (budgets et comptes) : dans ce cadre, une réunion préparatoire doit être planifiée avant la tenue du CA et les projets de documents budgétaires doivent être transmis par voie informatique aux collaborateurs du Centre concernés au moins 5 jours calendrier avant la date de la réunion.