Le Centre est géré par une Direction générale qui assure la coordination générale des services, la gestion prospective des missions et la gestion fonctionnelle du Conseil régional de la Formation.
L'organisation du Centre s'articule autour de deux Départements :
Département Support
Le Département Support reprend trois Directions : La Direction Ressources Humaines et Gestion du Personnel, la Direction Budget, Comptabilité, FA, Logistique et Informatique et la Direction Juridique.
La Direction Ressources Humaines et Gestion du Personnel et la Direction Budget, Comptabilité, FA, Logistique et Informatique sont en charge des missions de RH, secrétariat, coordination, marchés publics, Financements alternatifs et toutes les autres tâches en lien avec le fonctionnement logistique du Centre. En ce qui concerne la Direction Juridique, elle apporte son expertise en matière de législation, tant en lien avec les Pouvoirs locaux qu’en termes de marchés publics, de droit social ou de fonction publique régionale.
Département Missions
Le Département Missions regroupe la Direction stratégie financière, la Direction stratégie Pouvoirs Locaux et la Direction de la coordination. Ce Département a pour vocation de venir en soutien des entités locales dans l'élaboration de leur Plan de gestion et d’assurer le suivi de ce Plan de gestion, corollaire obligatoire des aides octroyées par le Gouvernement wallon. En lien avec cette mission, le Département Missions remet des avis et rapports au Ministre et recherche avec les entités locales les possibilités de synergies internes et externes, ainsi que des mesures d'économies réalisables, afin de tendre à la meilleure efficience possible au profit d'un service public de qualité. Enfin, il est également en charge de la réalisation d’études conseils, qui sont des études thématiques dans le domaine de la gestion financière et budgétaire qui peuvent être réalisées suite à une demande introduite auprès du Ministre par une Commune ou une Province qui ne bénéficie pas encore de l'accompagnement permanent assuré par le Centre dans le cadre d'un Plan de gestion.